加盟分公司在符合相关法律规定的前提下，可以独立核算。具体而言：

1. 分公司是总公司下属的子公司，具有独立的法人资格，可以在母公司的授权下开展业务活动； 2、分公司需要承担自身业务的经营风险和责任由总部按协议进行指导和监督;3 、在法律上明确规定允许的情况下, 可以实现利润上的自负盈亏 。因此 , 工程类企业设立分支机构时选择注册为“有限责任公司(自然人投资或控股)”有利于发挥优势且便于管理 ，同时也可以考虑将总公司和该子/孙公司将财务与会计部门分别设置以利于集团公司对各环节的有效控制与管理并达到规避财务风险的目的等目的因素综合考虑后决定是否采用此模式来运作您的项目 。 4 . 在实际操作中还需要结合具体的法律法规以及合同约定来进行判断和分析 以上内容仅供参考，，建议咨询律师意见处理问题。。