合并后的勘察设计资质公司，理论上具备独立核算是可以的。根据相关法规，具有相应资质的设计与勘察企业通过联合、重组等方式成立新的实体后，新公司在法律上是独立法人，拥有独立的经营资格和财务权，能够按照《企业会计准则》进行独立的会计核算。这包括对收入、成本、利润等各项经济活动进行单独记录和评估，以真实反映其经营状况和发展成果。但实际操作中，还需考虑各方在合并前的协议约定、税务政策以及行业监管等因素的影响。